Matériels de collecte et protocoles 

Matériels de collecte

Afin de collecter les échantillons permettant d’évaluer la faune aquatique présente sur chaque site, des moyens matériels et techniques spécialisés ont été mis en œuvre.

En fonction du type d’habitat prospecté, différents dispositifs de collecte sont utilisés :

  • filet à main,
  • filet Cvetkov ou filet phréatobiologique ,
  • filet à large ouverture,
  • sonde/pompe Bou-Rouch,
  • pompe de surface

Dans tous les cas, la taille de la maille des filets et des tamis de filtration est inférieure ou égale à 250 microns, suffisamment fine pour permettre de capturer les espèces stygobies recherchées.

Protocoles de prélèvement

Les modalités de prélèvement sont conformes au Protocole standard européen, développé lors du programme PASCALIS et piloté entre autres par l’équipe du LEHNA (cf. MALARD et al., 2002).

Les sources

Dans le cas des sources, le protocole est à adapter au faciès de l’exutoire, en s’assurant de collecter au point le plus amont et obscur physiquement accessible, à l’aide d’un :

  • « filet à mains » utilisé comme piège filtrant, et positionné (à la manière d’un filet Surber) au travers d’un flux d’eau, si celui-ci est suffisamment important (faciès rhéotique) pour y amener des éléments mis en suspension en amont par raclage/brassage du substrat ;
  • « filet à mains » utilisé comme un tamis, et alimenté avec des prélèvements de substrat, si le flux d’eau est faible (faciès lentique), diffus ou le volume d’eau très important (concrètement quand un « œil de source » n’est pas individualisable ou accessible).

Les nappes souterraines

Dans le cas des nappes souterraines, la collecte se fait typiquement par le dessus :

  • à l’aide d’un filet phréatobiologique (filet de type Cvetkov) équipé d’un cordage plus ou moins long, et dont une manipulation adaptée permet de brasser/filtrer la colonne d’eau, et ainsi de mettre en suspension et filtrer la faune susceptible de reposer sur le fond et les parois.
  • par un pompage dans un piézomètre effectué à l’aide d’une pompe manuelle de surface (même type de pompe que celle de la sonde Bou-Rouch), à laquelle est raccordé un tuyau souple (diamètre ext. de 30 mm) se terminant par une partie crépinée. Le tuyau souple est descendu jusqu’au fond du piézomètre, de façon à prélever les sédiments du fond dans lesquels se trouvent les organismes recherchés et non pas ceux qui seraient seulement dans la colonne d’eau.

Rivières souterraines

Dans le cas des rivières souterraines, la méthodologie d’échantillonnage consiste à poser un :

  • filet à mains positionné au travers du flux d’eau (à la manière d’un filet Surber en milieu rhéotique) devant lequel on brasse la surface du sédiment ou tous supports de vie présents dans le lit du cours d’eau (pierres, rochers, bois morts, etc.).

Cours d’eau de surface

Dans le lit des cours d’eau de surface, la collecte s’opère au moyen d’une :

  • sonde/pompe (de type Bou-Rouch) dont la manipulation consiste à enfoncer profondément dans le substrat (20-120 cm) un tube métallique muni d’une crépine, à aspirer l’eau à l’aide d’une pompe montée sur l’autre extrémité, et enfin à filtrer la collecte en sortie de pompe.
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D’autres méthodes de collecte sont-elles utilisées ?

Dès que les conditions le permettent (immersion en milieu souterrain ou quasi-obscur, non perturbation préalable du milieu), en complément des méthodes de prélèvement mentionnées ci-dessus, il est possible de procéder à une collecte « à vue » (à l’œil nu ou à la loupe) par l’observation minutieuse des parois du substrat et de tous les supports de vie (bois morts, pierres, etc.) présents.

Sonde multi-paramètres (© HANNA instruments)

Relevés de terrain et recueil des données

Analyses physico-chimiques

Avant chaque collecte, les paramètres physico-chimiques de température (T°), d’acidité (pH), de conductivité électrique (Ev) sont pris sur site (au plus proche de la mi-hauteur de la colonne d’eau dans la mesure du possible) au moyen d’une sonde multi-paramètres de terrain.

Un grand volume d’eau est prélevé (toujours au plus proche de la mi-hauteur de la colonne d’eau) de manière à mesurer, au moyen de kits de terrain, les paramètres d’oxygène dissous (O2), d’ammonium (NH4+), de phosphate (PO43-), de carbonate de calcium (CaCo3), de sulfate (SO42-), de nitrate (NO32-) et de nitrite (NO2).

Un prélèvement de 1 L d’eau sera réservé et conditionné dans un flacon (à double bouchonnage et labellisation) de manière à pouvoir vérifier ultérieurement, au besoin, les mesures enregistrées.

Conservation, tri & détermination des échantillons

Après filtration, le culot de collecte est conditionné dans un flacon de moyenne contenance (200 à 500 ml, à double bouchonnage et labellisation), et fixé immédiatement sur site par ajout d’alcool 99,9 % en quantité suffisante (après dilution) pour obtenir une solution de conservation à 70 % d’alcool minimum.

Après tri sous loupe binoculaire, les spécimens sont conditionnés par grands groupes taxonomiques dans des microtubes de 2 ml conçus pour la longue conservation (joint torique), labellisés intérieur-extérieur, et remplis en totalité avec de l’alcool 99,9 %.

En milieu et fin d’échantillonnage, ils sont ensuite envoyés pour confirmation/détermination auprès des experts taxonomistes associés au programme d’étude.

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À noter qu’une fois extraits de leur milieu, tous les spécimens doivent être conservés dans une solution ≥ 70 % d’alcool, au risque de voir dégrader leurs molécules ADN, et de compromettre les analyses génétiques (séquençage) ultérieures.

Enregistrement des données

En parallèle du prélèvement, une « Fiche Collecte » de terrain est renseignée pour chaque site, de manière à consigner immédiatement, outre les paramètres physico-chimiques des eaux mesurés, les conditions de prélèvement et les principales caractéristiques du point de collecte, ainsi qu’un relevé faunistique et floristique des alentours immédiats.

Ces informations recueillies sur site servent, entres-autres, à éditer une « Fiche Topo » pour chaque site qui regroupe des données de :

  • toponymie,
  • topographie,
  • géolocalisation,
  • géologie-hydrogéologie,
  • ainsi que données historiques et patrimoniales,
  • et une illustration photographique des lieux.

Les données relatives à l’identification de la faune collectée sont quant à elles consignées dans une « Fiche Tri & Détermination » qui, outre les effectifs dénombrés pour chacun des grands taxons identifiés, reproduit les clichés de travail sous la loupe, et attribue à chaque site et chaque spécimen un code unique de conservation.